Het ontstaan van het dorp Ter Apel is verbonden met het klooster dat in 1465 werd gesticht. Van de zeer vele kloosters die Noord-Nederland kende en die vrijwel alle op klei en veen lagen, is het op zand gelegen klooster in Ter Apel het enige dat bewaard is gebleven.

Het uit rode baksteen opgetrokken gebouw behoort tot de Orde van het Heilig Kruis en kreeg de naam Domus Novae Lucis (Huis van het Nieuwe Licht). Het moederklooster stond in Bentlage, aan de Eems in Duitsland. Van daaruit werden vier priesters en een paar lekenbroeders naar Ter Apel gestuurd, die zo de eerste bewoners waren van het nieuwe klooster. De eerste prior was Hinrick van den Berghe.
De toenmalige nederzetting bestond uit een aantal boerderijen op een complex van landerijen die waren omgeven door moerassen en ‘woeste gronden’. Hoewel het klooster werd gesticht toen de bouw al was begonnen, duurde het tot 1561 voordat het gebouw voltooid was, zo blijkt uit het jaartal boven de noordvleugel. Wat zal hebben meegespeeld is dat in 1472 de kapel, de eetzaal, de slaapzaal en de keuken totaal door brand werden verwoest.

Perkamenthuis

Naast het kloostergebouw verrezen verschillende houten en stenen bijgebouwen. Het tegenover het klooster gelegen Hotel Boschhuis staat op de plaats van het voormalige bak- en brouwhuis. Verder waren er een kuiperij, een slachthuis, een steenbakkerij en een gasthuis voor de zieken. Een poortgebouw bood onderdak aan de portier, de smid en de molenaar, en later werden er militairen gehuisvest die voor de grensbewaking moesten zorgen.
Rond het klooster lag een gracht en hieraan stond een dubbele watermolen die tevens geschikt was voor het malen van graan en het persen van olie. Buiten de gracht lag een visvijver en stond het perkamenthuis waar leer werd gelooid, een activiteit die veel stank veroorzaakte.
De bewoners van het klooster zorgden zelf voor de voedselvoorziening. Landbouwgrond werd verkregen door schenking en vererving. Naast de verbouw van gewassen hadden de kruisheren een veestapel die hoofdzakelijk bestond uit runderen, naast varkens en schapen.
Tot de Reformatie in 1593 bleef de kloostergemeenschap bestaan. Het klooster zelf bleef ook daarna functioneren. De abt en het merendeel van de broeders bekeerden zich tot het nieuwe geloof en het gebouw met de omliggende landerijen en bossen was lange tijd in bezit van de stad Groningen. Het klooster deed dienst als kerk, pastorie, school, kosterij, armenhuis, herberg en als onderkomen voor militairen. De landerijen en andere onroerende goederen werden verpacht.

Museum

Omdat het gehele kloostercomplex zeer kostbaar in onderhoud was, besloten burgemeester en raad van Groningen de westvleugel in 1755 af te breken, evenals een deel van de trans aan de noordkant. Later, in 1834, werd ook de bovenverdieping gesloopt. De verloedering van het gebouw ging in de negentiende eeuw door. Pas in de jaren dertig van de vorige eeuw is het klooster gerestaureerd. Naast het klooster werd tussen 1880 en 1890 een landschappark aangelegd met vijvers, bruggen en slingerpaden.
In 1976 heeft de stad het klooster en de daarbijbehorende tweehonderd hectare bosgrond overgedragen aan de Staat der Nederlanden voor het symbolische bedrag van één gulden. Staatsbosbeheer beheert de bossen en het klooster is in erfpacht gegeven aan de Stichting Museum Kloosterenclave Ter Apel. In 1988 werd het laatgotische gebouw kernmuseum voor religieuze kunst en kerkelijke geschiedenis. Omdat het gebouw geen tentoonstellingsruimte met een goede klimaatbeheersing had, werd aan de westkant een nieuwe vleugel herbouwd, die verleden jaar is voltooid.
Het ontwerp is van de bekende Deense architect Johannes Exner. Hij stemde op een eigentijdse en vernieuwende manier schaal, maat en materiaal- en kleurgebruik af op het monument. Nieuw en oud zijn nog duidelijk te onderscheiden, maar het geheel is zeer harmonieus.
De nieuwe vleugel staat niet op de foto.
De tentoonstellingscurator van het museum, Friggo Visser, gaat een partnerschap aan met het Emslandmuseum Schloss Clemenswerth in Sögel. Voor Ter Apel heeft Visser een programma geschreven waarin structureel aandacht wordt besteed aan de Noordelijke Figuratie, de Noordelijke Aquarellisten, de Noordelijke Houtdrukkers en de Noordelijke fotojournalistiek, en aan de Duitse geestverwante tegenvoeters. Van mei tot juli hangt de Noorderbreedte-tentoonstelling Schrijvers om de Noord in Ter Apel, met werk van Ger Siks, Trudy Kramer en Herman van Hoogdalem.